Francisco dio origen en la Iglesia a tres órdenes religiosas. La primera orden, la rama masculina, está formada por los frailes menores o franciscanos. En 1212 Clara, inspirada por Francisco, fundó la segunda orden, la rama femenina: las hermanas pobres o clarisas. Más adelante, en 1221, Francisco pidió al Papa también la aprobación de la tercera Orden, formada por laicos, que dan testimonio en la sociedad del ideal franciscano a través de la vida familiar, el trabajo, el compromiso apostólico y solidario.

 En el mes de septiembre de 1224 el cielo se abrió sobre el monte de Alverna y Cristo crucificado, en forma de ángel, descendió e imprimió sobre el cuerpo de Francisco los estigmas de la pasión. Así llegó a ser uno con Cristo crucificado llevando las llagas sobre los pies, las manos y el costado: un don que expresa su íntima identificación con Jesús, a quien tanto amó y a quien invitaba a amar, porque como solía repetir entre lágrimas: “El Amor no es amado”. Se ha dicho que Francisco representa un alter Christus: era verdaderamente un icono o imagen viva de Cristo.

La muerte de Francisco aconteció la tarde del 3 de octubre de 1226, junto a su querida iglesia de Santa María de la Porciúncula. Murió extendido sobre la tierra desnuda. Dos años más tarde el Papa Gregorio IX lo inscribió en el libro de los santos. Poco tiempo después, en Asís se construyó una gran Basílica en su honor, meta de numerosos peregrinos. Como ha dicho el Papa Benedicto XVI, recordando el testimonio de san Francisco comprendemos que el secreto de la verdadera felicidad es precisamente llegar a ser santos, amigos de Dios.